Le colonie furono edificate al fine di dare all'uomo una seconda opportunità per realizzare un mondo tranquillo e prosperoso, ma non bastano solo i buoni propositi, le colonie infatti si trovarono ad essere un immenso campo di battaglia, dove ciascuno combatteva contro l'altro per il predominio nello spazio.
In stato d’allerta gli stati della Terra si unirono nell’Alleanza per l'Unità della Sfera Terrestre, ed occuparono le colonie con uomini e Mobil Suit in nome della pace, ma questa era solo una facciata della medaglia, dietro si nascondevano ragioni ben diverse da quelle dichiarate, da sempre l’uomo cerca solo la supremazia sull’altro, il potere è un peccato capitale che alla fine lascia solo distruzione e morte, e fu così che coloro che si spacciarono ambasciatori di pace, iniziarono una guerra ancor più crudele e devastante, mettendo in ginocchio l’uomo.
Fu così che da cinque differenti gruppi di colonie decollarono delle capsule, contenti ognuna un Gundam, un nuovo tipo di Mobil Suit.
I Gundam sono guidati da cinque giovani piloti, la loro missione è di attuare numerose azioni di disturbo, con il proposito di appoggiare le colonie per la riconquista della propria libertà.
Una speranza si affaccia all’orizzonte, ma viene subito offuscata da nuove minacce da parte di
un'organizzazione militare segreta, interna all’Alleanza, che ha intenzione di prendere il controllo dell’intero pianeta e delle colonie.
Comincia così una lotta tra Heero pilota del Gundam Wing, Trowa Barton, Quatre Rareba Winner, Chang Wu-Fei, Duo Maxwell (gli altri piloti) ed Oz (l’organizzazione segreta), una guerra che vedrà protagonista anche Relena Peacecraft, ragazza emblema del pacifismo, tra l'altro innamorata di Heero.

I Mobil Suit delegati dalle colonie riescono a giungere sulla terra, ma non del tutto inosservati, infatti uno di loro viene intercettato e implicato in una violenta battaglia, e di tutto questo orrore sarà testimone una ragazza di nome Relena.
Questo ovviamente è solo il principio…

La Federazione Terrestre cerca con l' aiuto della Marina militare di recuperare l' unico Gundam che al momento sono riusciti a diroccare, ma durante il lavoro di rinvenimento accadranno degli avvenimenti imprevisti ad opera di un nemico sconosciuto. Nel frattempo il pilota del Gundam Heero si procura una falsa identità e si stabilisce nella stessa scuola di Relena.
Lei dal primo incontro non ha fatto che pensare a lui, mentre Heero ha per la testa preoccupazioni maggiori che non siano le ragazze…

Heero è ferito diventato una preda facile viene catturato dalla Federazione Terrestre e ricoverato in Ospedale, a causa delle ferite riportare, poco prima di essere interrogato viene liberato da un altro pilota di Gundam, Duo.
I due finiscono in una rocambolesca fuga senza fine, mentre gli altri piloti di Gundam proseguono senza problemi le loro missioni.

Il Gundam di Heero ha bisogno di riparazioni e lui si impegna al massimo per renderlo operativo al più presto possibile, il ragazzo dimostra carattere e determinazione non indifferenti, e una forza davvero fuori dal comune…
Intanto il Tenente Zack, si reca presso la Base Vittoria, dove entrerà in scena un altro personaggio chiave il Tenente Noin.
Questa base verrà presa di mira da uno dei Piloti di Gundam, che vuole eliminare i nuovi prototipi dei Mobil Suit della Federazione.

La Federazione accusa gli abitanti delle colonie spaziali di appoggiare gli attacchi contro le basi militari terrestri, il vice ministro degli esteri Darlian, insieme a sua figlia Relena raggiunge le colonie per far luce sui presunti intenti bellicosi dei coloni
Il Vice Ministro però resta vittima di un attentato su una delle Colonie Spaziale, ad opera della Federazione Terrestre per mano di Lady Une.
Relena resterà coinvolta casualmente nell’attentato scoprendo una tremenda verità che le interessa direttamente…